Met de ondertekening van het Plakkaat van Verlatighe breekt er een nieuwe tijd aan voor de Nederlanden. Vanaf nu hebben de Staten, met daarin vooral de steden vertegenwoordigd, het voor het zeggen. Voor Stad worden de zaken vooral op lokaal niveau geregeld waar bestuurlijk niet veel verandert. De heerlijkheid valt nu onder de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden.

Protestantisme
Het lokaal bestuur mag dan vrijwel gelijk blijven, wat wel verandert is de manier waarop de in 1534 gestichte parochiekerk wordt gebruikt. In de jaren zeventig van de zestiende eeuw is het gebouw door protestants gezinde gelovigen leeggemaakt en zijn alle katholieke elementen verwijderd. Sindsdien staat het leeg en verkeert het in vervallen toestand. In 1582 komt daar verandering in en wordt het gebouw voor de protestantse eredienst geschikt gemaakt. Voortaan zal een menigte van protestantse gelovigen het gebouw gebruiken. De ambachtsheer heeft in de eeuwen die volgen grote invloed op de beroeping en aanstelling van predikanten in de gemeente.

Vanaf het einde van de zestiende eeuw gaat de rentmeester van de ambachtsheer in Stad een belangrijke rol vervullen. Hij voert veel taken van de heer uit en we zien hem voor het eerst in actie in het jaar 1598 wanneer hij een vergunning verleent aan ene Wouter Thonisse uit Spijkenisse voor de bouw van een nieuwe windmolen, de voorganger van de huidige Molen aan de Molendijk. We komen in de navolgende decennia rentmeesters tegen als Johan Stoop, Balthasar Branderhouwe, Willem Overwater en Leendert Alebeek. De invloed van deze rentmeesters blijft tot ver in de twintigste eeuw aanwezig.

Meekrap
Gedurende de zeventiende en achttiende eeuw gaat de ambachtsheerlijkheid in verschillende handen over. In deze zelfde eeuwen groeit het dorp gestaag en worden veel statige huizen in de Voorstraat gebouwd. In deze straat wonen de notabelen, maar men leeft in het dorp voornamelijk van de landbouw. De haven van het dorp wordt gebruikt om producten van de akkers te verschepen. Een belangrijk product vormt de meekrap, die een belangrijke grondstof is voor rode verf. Het is bovendien een belangrijk exportproduct van de Nederlanden. Op die manier draagt Stad bij aan de rijkdom van de Republiek in de Gouden Eeuw.

In 1617 overlijdt Nicolaas van Bronckhorst en komt de heerlijkheid in handen van de laatste Van Bronckhorst, jonkvrouw Wilhelmina. Zij wordt opgevolgd door Willem Vincent van Wittenhorst in 1647. In 1675 volgt zijn zoon Johan Willem hem op om na diens dood in 1716 overgedragen te worden aan zijn zus Maria Adriana Alexandrina Theresia van Wittenhorst, echtgenote van Antoin Ulderick, Graaf van Frezin.

De Fransen komen
Niet veel later, in 1725, wordt de heerlijkheid door deze gravin geveild en verkocht aan Adam van Halffwassenaar. De ambachtsheerlijkheid zal in handen van deze familie blijven tot de Fransen eind achttiende eeuw het bestuur grondig reorganiseren. Achtereenvolgens bezitten Adam, Jacob en Sophia Maria van Halffwassenaar de ambachtsheerlijke rechten in Stad aan ’t Haringvliet.

Met de eerder genoemde komst van de Fransen verliezen de ambachtsheren veel van hun rechten in Stad en wordt de manier waarop het bestuur is geregeld grondig aangepast. De Republiek heet voor enkele jaren Bataafse Republiek voor Napoleon er zijn Koninkrijk Holland van maakt. Voor de bewoners van het dorp verandert er echter niet veel, zij leven nog altijd van de landbouw waarbij de meestoof ook in de negentiende eeuw nog een belangrijke plaats inneemt.